ประเทศไทยมีปริมาณผลผลิตจากการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำมากเป็นอันดับ 4 ของอาเซียนผลผลิตจากการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำของไทยยังเป็นรองอินโดนีเซีย เวียดนาม
และฟิลิปปินส์สัตว์น้ำที่ทำประมงได้จากแหล่งน้ำธรรมชาติลดลงตามความเสื่อมโทรมของทรัพยากรประมงจำเป็นที่จะต้องมีการพัฒนาการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำให้ได้ผลผลิตมาทดแทนส่วนที่ลดลงจากธรรมชาติ ในภูมิภาคอาเซียนผลผลิตจากการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำคิดเป็นร้อยละ 47.67 ของผลผลิตจากภาคประมงโดยรวมทั้งที่จับจากแหล่งน้ำธรรมชาติและที่เพาะเลี้ยง ไทยยังไม่สามารถเพิ่มส่วนแบ่งผลผลิตจากการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำให้ขึ้นมาถึงเกณฑ์ของภูมิภาคอาเซียน ทั้งนี้ เมื่อเกิดปัญหาในการเพาะเลี้ยงกุ้งผลผลิตจากการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำของไทยลดลงอย่างชัดเจน
ในปี 2558 ตามกรอบประชาคมเศรษฐกิจอาเซียน (ASEAN Economic Community, AEC) เพื่อการเป็นตลาดและฐานการผลิตร่วมในกลุ่มสมาชิกอาเซียน ไทยจะต้องดำเนินการให้มีการเคลื่อนย้ายสินค้า บริการ การลงทุน และแรงงานฝีมืออย่างเสรี ตลอดจนดำเนินการให้เคลื่อนย้ายเงินทุนได้อย่างเสรีมากขึ้น ทั้งนี้ เป็นไปตามวัตถุประสงค์ของอาเซียนที่จะให้มีการจัดสรรทุนในภูมิภาคไปยังแหล่งที่มีประสิทธิภาพมากที่สุด เพื่อเพิ่มผลผลิตโดยใช้ทรัพยากรน้อยที่สุด สำหรับภาคการผลิตที่มีความเข้มแข็งและมีศักยภาพการเป็นประชาคมเศรษฐกิจอาเซียนอาจช่วยให้มีการดึงดูดการลงทุนเข้ามาเพิ่มผลผลิต ตลอดจนร่วมกันพัฒนาภาคการผลิตในประเทศไทย แต่สำหรับเกษตรกรผู้เพาะเลี้ยงสัตว์น้ำรายย่อยที่ด้อยศักยภาพ การเปิดเสรีให้นักลงทุนจากประเทศสมาชิกอาเซียนอื่นๆ เข้ามาลงทุนเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำในประเทศไทยอาจส่งผลให้เกษตรกรรายย่อยไม่สามารถแข่งขันได้ ต้องเลิกการประกอบอาชีพนี้ไปหรือเปลี่ยนสถานะไปเป็นลูกจ้างนักลงทุนต่างชาติ แทนที่จะเป็นเจ้าของกิจการการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำขนาดเล็กของตนเองดังที่เคยทำมา
การเปิดเสรีการเคลื่อนย้ายสินค้าไม่เรียกเก็บภาษีนำเข้าสินค้าสัตว์น้ำจากประเทศสมาชิกอาเซียนก็อาจนำไปสู่การนำเข้าสินค้าสัตว์น้ำแข่งขันกับผลผลิตในประเทศ หากการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำในประเทศไทยด้อยประสิทธิภาพ ใช้ต้นทุนสูง มีผลผลิตต่ำ ผลผลิตไม่ได้คุณภาพเกษตรกรผู้เพาะเลี้ยงสัตว์น้ำของไทยโดยเฉพาะที่เป็นเกษตรกรรายย่อยอาจไม่สามารถแข่งขันกับสินค้าสัตว์น้ำนำเข้าได้ อาจส่งผลให้เกิดความเสียหายกับการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำในประเทศไทย
เกษตรกรผู้เพาะเลี้ยงสัตว์น้ำในประเทศไทยมากกว่าร้อยละ 80 ยังเป็นเกษตรกรรายย่อยโดยเฉพาะในการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำจืด มีพื้นที่เพาะเลี้ยงขนาดเล็กและตั้งอยู่กระจัดกระจาย ซึ่งเป็นข้อจำกัดในการพัฒนาศักยภาพของเกษตรกรเพื่อการแข่งขันกับการเข้ามาลงทุนของนักลงทุนจากภูมิภาคอาเซียนที่จะเปิดเสรีให้เข้ามาลงทุนเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำในประเทศไทย ตลอดจนการแข่งขันจากการนำเข้าสินค้าสัตว์น้ำจากประเทศสมาชิกอาเซียนอื่นที่มีต้นทุนต่ำกว่าต้นทุนการผลิตในประเทศไทยเพื่อพัฒนาการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ นอกจากการแก้ปัญหาผลผลิตที่ลดลงจากการเพาะเลี้ยงกุ้งแล้วรัฐควรให้ความสนใจพัฒนาการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชนิดอื่นๆ เพื่อทดแทนผลผลิตที่ลดลงจากการทำประมงจากแหล่งน้ำธรรมชาติ
ในการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำไทยเป็นผู้นำในการเพาะเลี้ยงกุ้งขาวแต่มีข้อจำกัดด้านพื้นที่และปัจจุบันประสบปัญหากุ้งตายในระยะต้น (Early Mortal Syndrome, EMS) ตามมาด้วยโรคตัวแดงที่เกิดขึ้นเมื่ออากาศแปรปรวนทำให้ผลผลิตลดลงมากการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่งอื่นๆ ได้แก่ ปลากะพงขาวที่มีการขยายการเพาะเลี้ยงโดยเกษตรกรรายย่อยไปมากแล้ว อาจเพิ่มผลผลิตจากการลงทุนเลี้ยงปลากะพงขาวในกระชังน้ำลึกดังที่กรมประมงพยายามพัฒนาแต่ควรมีการศึกษาความคุ้มทุนและโอกาสทางการตลาดให้ชัดเจน ที่ควรระวังคือผลผลิตที่ได้ไม่ควรส่งผลกระทบในทางลบต่อราคาปลากะพงขาวที่เกษตรกรรายย่อยขายได้อยู่ในปัจจุบัน
การพัฒนาการเพาะเลี้ยงปลากะชังเป็นสิ่งที่รัฐต้องดำเนินการพัฒนาไม่ให้ล้าหลังประเทศสมาชิกอาเซียนอื่นๆ โดยให้ความสำคัญแก่การเพาะพันธุ์และการลดต้นทุนค่าอาหารรวมทั้งการใช้อาหารเม็ดเพื่อลดผลกระทบสภาวะแวดล้อมสัตว์น้ำชนิดนี้มีราคาสูงสามารถทำรายได้ดีให้แก่เกษตรกรผู้เพาะเลี้ยงไทยมีโอกาสน้อยในการเพิ่มผลผลิต หอยแครง หอยแมลงภู่ และหอยนางรม ต้องแก้ปัญหาความเสื่อมโทรมของพื้นที่เลี้ยง หาพื้นที่ที่เหมาะสมเพื่อพัฒนาการเพาะเลี้ยงให้ได้ผลผลิตที่มีคุณภาพต่อไปและน่าจะเป็นพื้นที่ไกลจากชายฝั่งทะเลออกไปมากกว่าที่เพาะเลี้ยงกันอยู่ในปัจจุบัน
การเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำจืดส่วนมากเป็นการเพาะเลี้ยงที่ทำโดยเกษตรกรรายย่อยและพื้นที่เลี้ยงกระจัดกระจาย การขายผลผลิตยังต้องอาศัยผู้รวบรวมในท้องที่ ควรมีการศึกษาโซ่อุปทานสัตว์น้ำจืดเพื่อพัฒนาการเพาะเลี้ยงต่อไป อีกทั้งควรมีการรวบรวมข้อมูลจำนวนและพื้นที่การเพาะเลี้ยงให้ถูกต้องทันเหตุการณ์เพื่อใช้ประกอบการกำหนดนโยบายการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำจืด สัตว์น้ำจืดที่ควรได้รับการพัฒนาตามลำดับได้แก่ พัฒนาการเลี้ยงปลานิลได้ปลาขนาดใหญ่พอที่จะใช้แล่เนื้อทำฟิลเลต์เพื่อส่งออกไปตลาดปลายทางในภูมิภาคอื่นได้ซึ่งก็ยังต้องแข่งขันกับประเทศที่ครองตลาดอยู่ในปัจจุบันโดยเฉพาะจีน ปลานิลที่ขายเป็นปลาสดทั้งตัวเป็นที่นิยมของตลาดในประเทศและมีช่องทางส่งออกไปสปป.ลาวและอาจส่งออกไปสหภาพพม่า
นอกจากนี้ไทยยังมีโอกาสพัฒนาการเพาะเลี้ยงปลาดุกปลาตะเพียน ซึ่งอาจต้องแข่งขันกับเวียดนาม และกุ้งก้ามกราม ซึ่งประเทศไทยยังมีความสามารถในการผลิตมากกว่าประเทศสมาชิกอาเซียนอื่นๆ ยังต้องพัฒนาการเพาะเลี้ยงปลาสวาย ให้ถูกสุขลักษณะและส่งเสริมการเพาะพันธุ์โดยเฉพาะพันธุ์ปลาสวายโมง วิจัยและพัฒนาลูกพันธุ์ที่สามารถนำมาเลี้ยงให้ได้ปลาเนื้อขาวอย่างไรก็ตาม ในการส่งออกปลาสวายยังยากที่ประเทศไทยจะแข่งขันกับเวียดนามได้ ควรให้ความสำคัญแก่การผลิตเพื่อบริโภคในประเทศดังที่เครือเจริญโภคภัณฑ์ได้พัฒนาผลิตภัณฑ์เนื้อปลาแล่แช่แข็งออกวางจำหน่ายทั่วไปในประเทศ และอาจมีโอกาสส่งออกในภูมิภาค ซึ่งควรมีการศึกษาความต้องการของตลาดประกอบการวางแนวทางพัฒนาการเพาะเลี้ยงมีโอกาสการส่งออกปลาสลิด ไปยังตลาดอาเซียนโดยพัฒนาการแปรรูป
อย่างไรก็ตาม ผลผลิตปลาสลิดที่ได้ในประเทศยังมีไม่มากต้องแก้ปัญหาความจำกัดของพื้นที่เลี้ยงรวมทั้งพันธุ์ปลาให้มีคุณภาพและมีเพียงพอกับความต้องการพัฒนาการเพาะเลี้ยง








