อย่างไรก็ดี มาเลเซียจะต้องเจรจากับสิงคโปร์เกี่ยวกับการเสียค่าปรับให้สิงคโปร์คิดเป็นจำนวนเงิน 500 ล้านริงกิต (126 ล้านดอลลาร์) หากมีการถอนตัวจากโครงการนี้
นายลิม กวน เอ็ง รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลังมาเลเซีย กล่าวว่า การที่นายมหาธีร์ โมฮัมหมัด นายกรัฐมนตรีมาเลเซีย ประกาศยกเลิกโครงการรถไฟความเร็วสูงกัวลาลัมเปอร์-สิงคโปร์ ก่อนหน้านี้ ไม่ได้บ่งชี้ว่ารัฐบาลมาเลเซียจะไม่นำโครงการดังกล่าวมาพิจารณาอีกในอนาคต แต่มาเลเซียประกาศยกเลิกโครงการนี้ เพื่อให้สามารถนำมาพิจารณาใหม่ในอนาคต
นายลิม กล่าวเสริมว่า มาเลเซียจำเป็นต้องสร้างความมั่นใจว่าการกำหนดโครงสร้างทางการเงินของโครงการดังกล่าวจะต้องมีความยุติธรรมสำหรับมาเลเซียเมื่อมีการนำโครงการนี้มาพิจารณาใหม่
การที่นายมหาธีร์คาดการณ์ค่าใช้จ่ายในโครงการนี้ที่ระดับ 1.10 แสนล้านริงกิต ถือเป็นตัวเลขที่สอดคล้องกับความเป็นจริง เมื่อพิจารณารวมถึงอัตราดอกเบี้ยเงินกู้
ทั้งนี้ นายมหาธีร์ประกาศยกเลิกโครงการรถไฟความเร็วสูงกัวลาลัมเปอร์-สิงคโปร์ เนื่องจากมีต้นทุนสูง
นายมหาธีร์เคยกล่าวก่อนหน้านี้ว่า โครงการรถไฟความเร็วสูงเชื่อมสองประเทศนี้เป็นหนึ่งในโครงการที่ไม่มีความจำเป็นต่อมาเลเซีย
ทั้งนี้ หลังจากที่นายมหาธีร์ชนะการเลือกตั้ง เขาก็ได้ประกาศมาตรการในการควบคุมการใช้จ่ายของรัฐบาล โดยประกาศลดเงินเดือนของคณะรัฐมนตรีลง 10% ขณะที่ยุบหน่วยงานที่ไม่มีความจำเป็น รวมทั้งเตรียมยกเลิกสัญญาว่าจ้างพนักงานในภาครัฐจำนวน 17,000 คน





