นักเศรษฐศาสตร์หรือผู้ที่เกี่ยวข้องกับการคลังของญี่ปุ่นมักจะทราบว่า หนี้สินภาครัฐบาลญี่ปุ่นมีขนาดประมาณ 200%
ของจีดีพี ในบางกรณีอาจจะทราบเพิ่มเติมว่า การคลังญี่ปุ่นอยู่ในสถานะที่มีภาระประกันสังคมมากจากสภาวะของสังคมสูงอายุ แต่แท้ที่จริงแล้ว เหตุผลที่อยู่เบื้องหลังมีมากกว่านั้นมากมาย ตั้งแต่ภาระในการพัฒนาท้องถิ่นที่มีกำลังไม่มากพอไปจนถึงภาระที่เป็นผลพวงจากภาระหนี้ภาครัฐบาลที่หนักอื้ง ซึ่งเป็นผลพวงจากโครงสร้างทางการคลังและการดำเนินนโยบายการคลังที่ผิดพลาดมาตลอดของรัฐบาล ซึ่งก็คือนักการเมืองมาตลอดนั่นเอง
ตารางที่ 1 แสดงให้เห็นว่างบประมาณรายจ่ายที่มีสัดส่วนสูงสุดจากงบประมาณรายจ่ายรวม คือ รายจ่ายประกันสังคมที่มีสัดส่วนสูงถึง 32.7% รายจ่ายชำระคืนเงินต้นและดอกเบี้ยเป็นลำดับถัดไปด้วยสัดส่วน 24.3% และรายจ่ายอุดหนุนท้องถิ่น 16.1% ทั้งสามรายการนี้รวมกัน 73.1% ดังนั้นสิ่งที่ประชาคมทั่วโลกได้รับทราบถึงปัญหาการคลังของญี่ปุ่นจึงอยู่ที่รายจ่ายประกันสังคม เมื่อพิจารณาด้านรายรับรัฐบาลแล้ว ปรากฏว่ารายรับรัฐบาลญี่ปุ่นมีสัดส่วนเพียง 61.7 % หรือทำให้ขาดดุลงบประมาณเบื้องต้นถึง 38.3% ซึ่งเป็นส่วนที่จะต้องสนับสนุนด้วยรายรับจากการออกพันธบัตรรัฐบาล ในแง่นี้ถือว่า การขาดดุลงบประมาณของรัฐบาลญี่ปุ่นมีขนาดเกือบ 2 เท่าของไทยซึ่งกฎหมายกำหนดไว้เพียงไม่เกิน 20% นี่คือปัญหาใหญ่ประการแรกของการคลังญี่ปุ่น
อย่างไรก็ตาม รัฐบาลญี่ปุ่นไม่ได้มีงบประมาณจ่ายบัญชีทั่วไปเพียงอย่างเดียว แต่มีงบประมาณรายจ่ายบัญชีพิเศษอีกบัญชีหนึ่ง ซึ่งประกอบขึ้นด้วยบัญชีย่อยๆ อีก 15 บัญชี ด้วยกัน ดังแสดงในตารางที่ 2 บัญชีย่อยเหล่านี้เห็นได้ชัดว่าเป็นกิจกรรมที่สนับสนุนนโยบายรัฐบาลในด้านต่างๆ สิ่งที่เป็นปัญหาของบัญชีพิเศษนี้
ประการแรกคือ รายละเอียดของบัญชีพิเศษย่อยไม่มีการเปิดเผยต่อสาธารณะเป็นการทั่วไป ทำให้ไม่มีโอกาสทราบว่าบัญชีพิเศษย่อยใดมีปัญหา
ปัญหาประการที่สองของงบประมาณรายจ่ายบัญชีพิเศษนี้ มีขนาดใหญ่กว่างบประมาณรายจ่ายบัญชีทั่วไปเสียอีก กล่าวคือมีขนาดเพิ่มสุทธิอีก 263.6 ล้านล้านเยน ในขณะที่บัญชีทั่วไปมีจำนวนเพียง 95.9 ล้านล้านเยน แม้ว่าหักกลบลบกันกับงบประมาณคงเหลือยกมาแล้วก็ยังคงมีจำนวน 141.5 ล้านล้านเยน ดังแสดงในตารางที่ 3 แม้ว่ารายจ่ายบัญชีพิเศษย่อยๆ อาจจะเป็นงบลงทุนที่มีรายรับกลับคืนมาในอนาคต แต่ก็ยังเป็นตัวที่ทำให้การขาดดุลงบประมาณเพิ่มขึ้นในปีนั้นๆ อยู่ดี นอกจากนี้กิจกรรมที่ไปลงทุนนั้นยังคงดำเนินการต่อไปโดยที่ไม่หยุดง่ายๆ
ในช่วงระยะเวลาระหว่างปี 1990-2014 งบประมาณรายจ่ายที่เพิ่มขึ้นมากที่สุดจากรายจ่ายประกันสังคม 210 ล้านล้านเยน เงินอุดหนุนท้องถิ่น 78 ล้านล้านเยน และรายจ่ายสาธารณูปโภค 57 ล้านล้านเยน ซึ่งได้ลดลงในช่วงกว่าสิบปีที่ผ่านมา นอกจากนี้ยังมีภาระหนี้ภาครัฐบาลที่เพิ่มขึ้นจากการรับช่วงหนี้ของการรถไฟแห่งประเทศญี่ปุ่นอีก 53 ล้านล้านเยน ส่วนด้านรายรับก็ลดลงในช่วงเวลาเดียวกันทั้งสิ้น 148 ล้านล้านเยน จากการเปลี่ยนแปลงอัตราภาษีและรายรับจากภาษีเงินปันผล ดอกเบี้ย และกำไรจากการโอนทรัพย์สินที่ลดลงอันเนื่องจากภาวะเศรษฐกิจที่ซบเซาลง ทำให้ภาระหนี้รัฐบาลเพิ่มขึ้นช่วง 1990-2014 ทั้งสิ้น 603 ล้านล้านเยน
ดังนั้นปัญหาใหญ่ประการที่สองก็คือ การขาดดุลประมาณจำนวนมากที่ยังคงสะสมและขยายตัวเพิ่มขึ้นทุกปี โดยที่ไม่มีการปรับปรุงระบบการคลังเพื่อแก้ไขปัญหาแม้แต่น้อย ทำให้ภาระหนี้สินรวมภาครัฐบาลกลาง ณ ปี 2015 อยู่ที่ 807 ล้านล้านเยน ดังแสดงในตารางที่ 4 และมีสัดส่วนเทียบกับ GDP สูงสุดในกลุ่มประเทศ OECD มากว่า 20 ปีแล้ว
