"ไอยูซีเอ็น"จัดให้ปลาไหลญี่ปุ่นอยู่ในบัญชีสัตว์ใกล้สูญพันธุ์ เนื่องจากพื้นที่อาศัยลดลง น้ำเสื่อม
สหภาพนานาชาติว่าด้วยการอนุรักษ์ธรรมชาติและทรัพยากรธรรมชาติ หรือ ไอยูซีเอ็น จัดให้ปลาไหลญี่ปุ่นอยู่ในบัญชีสัตว์ใกล้สูญพันธุ์ เนื่องจากพื้นที่อาศัยลดลง คุณภาพน้ำเสื่อม กระแสน้ำทะเลเปลี่ยน และมีการจับปลามากเกิน แต่กระทรวงเกษตรป่าไม้และประมงของญี่ปุ่น จะยังไม่กำหนดข้อจำกัดเรื่องการทำประมงปลาไหลในช่วงนี้





